TargetScan，数据库简介

TargetScan是一种广泛使用的靶点预测工具和数据库，用于预测和分析非编码RNA（ncRNA）与蛋白质编码基因的相互作用。

ncRNA是一类不产生蛋白质的RNA分子，可以通过与基因组中的靶标RNA或蛋白质相互作用来调控基因表达。ncRNA与蛋白质间的相互作用对于理解基因调控网络以及疾病的发生和发展具有重要意义。TargetScan通过使用进化保守性和RNA结构信息来预测ncRNA靶向的蛋白质编码基因。

TargetScan数据库包含了大量的靶标预测结果，涵盖了多个物种，包括人类、小鼠、果蝇和线虫等常用模式生物。目前，数据库中包含了相互作用预测结果超过30万条。

为了进行准确且高效的靶标预测，TargetScan利用了多种预测算法和策略。其中最重要的算法是基于进化保守性的靶标预测。这个算法将基因组中序列的保守性作为一个指标，认为进化保守的序列更有可能是功能保守的序列，因此更有可能是ncRNA的靶标。此外，TargetScan还考虑了RNA的结构，通过预测RNA二级结构和序列的反馈环结构来显示可能的靶标位点。

为了提供全面的靶标预测结果，TargetScan还整合了其他靶标预测工具的预测结果，包括PicTar、miRanda和RNAhybrid等。通过整合多个预测工具的结果，TargetScan能够提高预测的准确性和覆盖范围。

除了预测结果，TargetScan还提供了丰富的注释信息，包括靶标基因的基本信息、靶标位点的位置和靶标与ncRNA的相互作用方式等。这些注释信息帮助研究人员更好地理解和解释预测结果。

使用TargetScan数据库可以帮助研究人员进行ncRNA靶标预测和分析。研究人员可以根据自己的需求，选择不同物种的预测结果进行分析，从而获得特定物种中ncRNA与蛋白质编码基因的相互作用信息。此外，研究人员还可以通过连接到其他相关数据库，如miRBase和ENSEMBL，进一步深入研究靶标基因的功能和调控机制。

总之，TargetScan是一个功能强大的靶标预测工具和数据库，为研究人员提供了准确、可靠的ncRNA靶标预测结果和丰富的注释信息。它在研究ncRNA功能和基因调控网络中起到了重要的作用，有助于进一步理解基因调控的分子机制和疾病的发生发展。

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