TargetScan，数据库简介

TargetScan是一个广泛使用的数据库，用于预测、识别和分析miRNA靶基因。miRNA（MicroRNA）是一类长度约为22个碱基的小分子RNAs，它们在基因表达调控中起着重要的作用。通过与靶基因的3'非翻译区（3'UTR）相结合，miRNA可以导致mRNA降解或抑制其翻译，从而调控基因的表达。

TargetScan数据库利用计算方法与实验证据相结合，预测miRNA与其靶基因之间的相互作用。该数据库整合了来自多个物种的全基因组序列信息，包括人类、小鼠、大鼠等。TargetScan使用进化保守性、结合自由能、种子区序列互补性以及其他因素来评估miRNA靶基因的可能性。此外，TargetScan提供了功能注释和基因调控网络的信息，帮助研究者进一步了解miRNA与基因调控之间的关系。

使用TargetScan数据库可以帮助研究者识别miRNA与其预测的靶基因，并探索miRNA在生物学过程和疾病发生中的功能作用。以下是使用TargetScan数据库的一般步骤：

1. 访问TargetScan网站（http://www.targetscan.org/或下载软件）。

2. 选择物种：TargetScan涵盖多个物种，选择与研究有关的物种。

3. 输入miRNA序列：可以通过DNA或RNA序列、miRBase ID、基因名或RefSeq ID等方式输入miRNA序列。

4. 靶基因预测：在输入miRNA序列后，TargetScan将根据预测模型计算miRNA与潜在靶基因的配对得分，并提供预测结果。

5. 进一步分析：可以进一步筛选和分析预测结果，例如根据保守性、结合自由能或其他特征对预测结果进行排序或过滤。

6. 功能注释和调控网络：TargetScan还提供了靶基因的功能注释信息和基因调控网络图，帮助研究者理解miRNA在细胞过程中的功能机制。

TargetScan数据库已经在多个研究中得到了广泛的应用。例如，研究人员可以利用TargetScan数据库预测miRNA与癌症相关基因的相互作用，从而探索miRNA在癌症发生和进展中的作用。此外，TargetScan还被用于预测miRNA在神经系统疾病、免疫系统疾病、心脏病和肌肉疾病等方面的功能。

总之，TargetScan是一个功能强大的miRNA靶基因预测数据库，为研究者提供了丰富的数据和工具，帮助他们了解miRNA在基因表达调控中的作用。通过使用TargetScan数据库，研究者可以推动对miRNA靶向治疗以及相关疾病机制的深入理解和研究。

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