TargetScan，数据库简介

TargetScan是一种广泛使用的预测靶向miRNA的算法，它能够通过分析miRNA与mRNA间的配对，预测miRNA与mRNA相互作用的可能性。随着研究者对miRNA调控的兴趣和分析技术的不断提高，TargetScan也不断进行改进和更新，以更准确地预测miRNA靶向和调控。

目前，TargetScan数据库提供了各种物种的miRNA靶向预测结果，包括人类，小鼠，大鼠和果蝇等。其中，人类的预测结果是最全面和最成熟的。对于每种物种，TargetScan均提供了Base和Conserved等两个版本的预测结果。其中，Base版本仅考虑了miRNA与3'UTR的互作，而Conserved版本则考虑了其他区域，如5'UTR和CDS等。此外，还提供了针对各种亚型的miRNA的预测结果，以及整合了RNA结构信息的预测工具。

使用TargetScan数据库进行研究的方法非常简单，只需要输入研究物种和感兴趣的miRNA序列，即可获得与之相关的mRNA靶向预测结果。此外，用户可以按照靶向基因的基因本体论分类进行筛选，或者设置参数来对预测结果进行进一步筛选和排序，以获得最为准确的预测结果。例如，可以设定5'端耐受性、保守程度等筛选条件，以过滤掉不可靠的预测结果。

除此之外，TargetScan数据库还提供了各种有关miRNA调节和靶向基因的信息，如miRNA表达谱，miRNA的RNA深度测序数据，miRNA家族信息等等。这些信息可以帮助研究者更好地理解miRNA调控的机制，从而为后续的研究提供更多的启示。

最后，以下是一些应用TargetScan数据库的案例：

案例一：在人类乳腺癌中的miRNA调控网络

研究者利用TargetScan数据库分析了人类乳腺癌中miRNA与靶向基因之间的关系，发现多种miRNA参与了乳腺癌的发生和发展，并对乳腺癌细胞的增殖和凋亡等生物学特性产生调节作用。他们进一步分析了miRNA-靶向基因网络和相关的信号通路，以期为乳腺癌的治疗提供新的思路。

案例二：在小鼠中预测有关发育的miRNA靶向

一项研究利用TargetScan数据库和小鼠发育的miRNA表达谱，预测了与小鼠胚胎发育相关的miRNA靶向基因，并进行了进一步的实验验证。研究结果表明，这些miRNA靶向基因参与了调控小鼠的内胚层形成，心脏发育等过程，表明TargetScan可用于发现miRNA调控发育和分化等过程的新靶向。

总之，TargetScan是一种功能强大的miRNA靶向预测工具，为研究者提供了全面的miRNA靶向预测结果和相关信息，能够帮助研究者更好地理解miRNA调控的机制，并为相关领域的研究提供支持和指导。

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